根据企业会计准则第33号——合并财务报表（2014）的规定，判断是否应将被投资方纳入合并范围的基础是控制权的存在。通常，持有被投资方半数以上的表决权是拥有控制权的一个重要标志，但并非唯一标准。在A公司支付了B公司50%股权对价款的情况下，虽然没有提及是否获得了半数以上的表决权，但即使达到了这一比例，还需考虑其他因素，如其他股东的持股情况、股东协议中的特殊条款、是否有能力任命关键管理人员等。

如果A公司能够基于持有的股权和其他权利，如协议安排，有效地主导B公司的相关活动，即使没有50%以上的表决权，也可能被视为拥有控制权。然而，如果工商执照变更尚未完成，这可能意味着法律上的所有权转移还未最终确定，因此在法律意义上A公司可能尚未正式获得相应权利。

综上所述，A公司能否将B公司并表需要基于对所有相关事实和情况的全面分析，包括但不限于股权比例、其他股东的协议、实际权力的行使能力等。在工商变更完成之前，控制权可能存在不确定性，因此在合并报表的编制上需要谨慎处理。如果A公司在支付对价后能够证明其对B公司拥有控制权，即使工商变更手续正在进行中，理论上可以将B公司纳入合并范围。否则，应等待变更完成并确认控制权后再进行并表。