当企业回购其普通股时，会计处理通常如下：

1. 记录回购支出：企业应按实际支付的金额，借记“库存股”科目，贷记“银行存款”科目。库存股科目用于反映企业收购、转让或注销的本公司股份金额。

2. 资本结构变动：如果回购是为了减少注册资本，那么在注销股份时，应借记“股本”科目，按注销的股票面值，贷记“库存股”科目。如果回购股份涉及资本公积，还需调整“资本公积——股本溢价”科目，以反映资本结构的变化。

3. 股份奖励给职工：如果回购股份是为了奖励本公司职工，这属于以权益结算的股份支付。企业应借记“库存股”科目，贷记“银行存款”科目，并在授予日确认相应的股份支付费用，可能涉及“资本公积——其他资本公积”和“资本公积——股本溢价”科目的调整。

4. 股东异议回购：如果股东因对公司合并、分立决议持有异议而要求企业回购股份，处理方式与减少注册资本类似，借记“库存股”科目，贷记“银行存款”科目，然后注销股份时，借记“股本”科目，贷记“库存股”科目。

请注意，回购股份的会计处理应根据回购的目的和具体情况来确定，上述处理是一般原则。在实际操作中，企业还需要考虑相关法规要求，如是否需要履行减资程序，以及是否需要在满足特定条件后才能进行会计处理。