土地使用税的滞纳金通常是按照每日滞纳税款一定比例（例如万分之五）来计算的。滞纳金的起算点是从应缴纳税款的期限届满之次日起开始计算。具体计算公式如下：

滞纳金 = 应缴土地使用税 × 滞纳天数 × 日滞纳金率

这里的日滞纳金率是根据当地税法规定确定的，例如万分之五意味着0.05%。滞纳天数是从应缴纳税款的最后期限到实际缴纳税款日期之间的天数。

在案例中提到的A公司，如果2019年税务申报系统显示的滞纳金为2,500万元，这表明滞纳金金额等于税款本金，可能是基于当地税法规定的上限。如果滞纳金的计算符合上述原则，那么2,500万元的滞纳金可能是基于长期未缴税款的累积计算得出的。

在处理滞纳金时，如果补缴税款和滞纳金属于前期会计差错，那么应追溯调整以前年度损益；如果不是会计差错，滞纳金则计入当期损益。A公司的情况表明，它作为土地的实际使用单位，从2006年起就有纳税义务，因此，如果滞纳金确实属于前期会计差错，应采用追溯重述法调整前期比较数据；如果不是，那么2,500万元的滞纳金应计入2019年的当期损益。