根据您提供的信息，您的公司在填写2023年度关联报告时遇到了一个问题。以往，您公司将来料加工业务按照加工费收入金额填报，而没有按照年度进出口报关价格。尽管之前总收入超过2亿元，系统没有提示需要准备本地文档。但在2023年度，由于总收入降至1.5亿元，系统提示年度关联交易金额不符合准备本地文档的条件。

根据相关规定，当有形资产所有权转让金额超过2亿元时，企业需要准备本地文档。来料加工业务的关联交易金额应按照年度进出口报关价格计算，而非加工费收入。如果按照这一标准，您公司2023年的数据可能未达到准备本地文档的门槛。

现在系统提示需要确认是否准备本地文档，这可能是由于之前年度的习惯性填报导致的。在这种情况下，您应该根据2023年度的实际交易数据，即按照进出口报关价格计算的有形资产所有权转让金额来判断是否需要准备本地文档。如果确实未达到2亿元的阈值，您可以根据系统的提示取消本地文档的勾选。

建议您与税务顾问或审计事务所进一步沟通，确保按照最新的交易数据和税务规定准确填报，以避免潜在的合规风险。同时，根据实际情况更新关联报告，确保信息的准确性。