根据企业会计准则第16号-增值税的规定，企业初次购买增值税税控系统专用设备支付的费用以及缴纳的技术维护费，如果税法规定允许在增值税应纳税额中全额抵扣，则应当借记“应交税费——应交增值税（减免税款）”科目，贷记“管理费用”等科目。因此，选项D正确，初次购买增值税税控系统专用设备支付的费用在增值税应纳税额中抵扣时应冲减当期管理费用。

选项A错误，因为资源税属于企业的营业税金及附加，应当借记“营业税金及附加”科目，贷记“应交税费——应交资源税”科目，而不是计入生产成本。

选项B错误，印花税应当借记“营业税金及附加”科目，贷记“应交税费——应交印花税”科目，而不是直接计入当期管理费用。

选项C错误，支付增值税税控系统技术维护费在增值税应纳税额中抵扣时，应当借记“应交税费——应交增值税（减免税款）”科目，贷记“管理费用”等科目，而不是确认为营业收入。

综上所述，正确答案是D。