当最终控制方向孙公司注资时，子公司在编制合并财务报表时需要按照以下步骤处理：

1. 个别财务报表：子公司本身不直接参与交易，因此在子公司个别财务报表中不会有任何直接影响。

2. 合并财务报表：

3. 长期股权投资调整：在合并财务报表中，母公司对孙公司的长期股权投资应按照新的持股比例调整，反映注资后增加的权益份额。如果原本是成本法核算，可能需要转为权益法核算，按照权益法的要求调整长期股权投资的账面价值。
4. 内部交易抵销：母公司的注资被视为内部交易，需要在合并财务报表中进行抵销处理。母公司的投资增加与孙公司所有者权益的增加相抵销。
5. 资本公积和留存收益：如果调整后长期股权投资的账面价值与子公司增加的净资产份额之间存在差额，应调整资本公积，资本公积不足时再调整留存收益。
6. 合并所有者权益变动表：在合并所有者权益变动表中，需要反映这一交易对所有者权益变动的影响，包括资本公积和留存收益的调整。

请注意，这些处理是基于企业会计准则，特别是《企业会计准则第2号——长期股权投资》和《企业会计准则第33号——合并财务报表》的规定。