根据企业会计准则第33号——合并财务报表（2014）-第三章 合并程序-第三十四条-第二节 合并利润表，合并利润表应当以母公司和子公司的利润表为基础，在抵销母公司与子公司、子公司相互之间发生的内部交易对合并利润表的影响后，由母公司合并编制。具体到本案例，甲企业将库存商品出售给乙企业，年末该批存货尚有40%在库，25%已经计入乙企业当年的销售成本，另35%则包括在乙企业期末在产品成本中。因此，需要抵销的营业成本包括已经计入乙企业销售成本的部分和在产品成本中包含的部分。

已知该批存货的账面价值为80000元，计税价格为100000元，甲企业以100000元的价格出售给乙企业。年末，该批存货尚有40%在库，即40% * 100000 = 40000元；25%已经计入乙企业当年的销售成本，即25% * 100000 = 25000元；另35%则包括在乙企业期末在产品成本中，即35% * 100000 = 35000元。

因此，甲企业年末编制合并财务报表时，对“营业成本”项目的抵消金额应为已经计入乙企业销售成本的部分和在产品成本中包含的部分之和，即25000元 + 35000元 = 60000元。但是，由于该批存货的可变现净值为31000元，乙企业因此计提存货跌价准备9000元，这部分跌价准备也需要在合并财务报表中予以抵销。因此，最终的抵消金额为60000元 - 9000元 = 51000元。

综上所述，甲企业年末编制合并财务报表时，对“营业成本”项目的抵消金额应为51000元。因此，选项中没有符合的答案，正确的答案应该是51000元。