当公司通过破产管理人用全部银行存款偿还债务时，会计处理如下：

1. 首先，根据《企业会计准则》和《企业破产清算有关会计处理规定》，破产企业在破产清算期间的负债应当以破产债务清偿价值计量。因此，公司需要按照实际需清偿的债务金额调整账面负债。

2. 使用银行存款偿还债务时，应借记“应付账款”或其他相关负债科目，金额等于债务的清偿价值。例如： 会计分录 借：应付账款（或其他相关负债科目） 贷：银行存款

3. 如果银行存款的金额大于账面负债，不存在差额，因为在这种情况下，没有资产的处置或债务的重组，所以不需要确认任何收益或损失。

4. 如果银行存款的金额小于账面负债，且公司之前已经计提了坏账准备，应先冲减坏账准备，然后将剩余的差额确认为营业外支出。例如： 会计分录 借：应付账款（或其他相关负债科目） 坏账准备 贷：银行存款 借：营业外支出（差额部分） 贷：坏账准备

请注意，实际的会计处理可能会因具体情况而异，例如是否已计提坏账准备，以及债务的具体性质。在处理此类事务时，建议咨询专业的会计师或审计师。