根据《财政部 国家档案局关于规范电子会计凭证报销入账归档的通知》（财会〔2020〕6号），电子发票的存档保存可以有两种方式：

1. 如果企业已经实施了会计信息系统，并且与电子发票相关的记账凭证、报销凭证等都是电子化的，那么可以将电子发票与这些相关凭证一起通过归档接口或手工导入电子档案管理系统进行整理、归档，并长期保存。

2. 如果与电子发票相关的记账凭证、报销凭证等未实现电子化，企业可以单独将电子发票通过归档接口或手工导入电子档案管理系统进行整理、归档，并长期保存。

无论哪种方式，都应确保电子发票的长期保存符合《企业电子文件归档和电子档案管理指南》（档办发〔2020〕4号）的相关规定。