股东出资不都计入股本，而是部分计入资本公积，主要是因为以下原因：

1. 资本溢价：当股东出资额超过其在注册资本中所占的份额时，超出部分会形成资本溢价，计入资本公积。例如，如果一家公司的注册资本是100万元，但股东实际投入了120万元，那么100万元计入股本，剩余的20万元计入资本公积。

2. 非货币性资产出资：股东以非货币性资产出资，如房产、设备等，这些资产的评估价值可能高于其账面价值，高出部分也会计入资本公积。

3. 股份发行溢价：在上市公司中，股票发行价格通常高于股票的面值，这部分溢价不计入股本，而是计入资本公积。

4. 权益结算的股份支付：根据企业会计准则，如果母公司向子公司高管授予股份支付，虽然母公司在合并财务报表中可能确认长期股权投资和资本公积，但在子公司少数股东损益中，也会包含按照少数股东持股比例分摊的股权激励费用，这部分也会体现在资本公积中。

5. 合并与重组：在企业合并中，如果属于同一控制下的合并，合并对价与被合并方净资产账面价值的差额可能调整资本公积。

因此，资本公积是企业所有者权益的一部分，用来记录企业资本结构中超过股本的部分，反映了企业的资本来源和结构的复杂性。