卖出存货并确认收入100万元的会计分录如下：

1. 当企业销售存货并确认收入时，首先需要确认收入，然后结转成本，分录可以表示为：

借：银行存款/应收账款         1,000,000
贷：主营业务收入（或其他业务收入）    1,000,000
借：主营业务成本                X
贷：库存商品                  X

这里的X代表根据实际情况结转的成本金额，具体数额取决于卖出存货的实际成本。同时，根据增值税核算制度，还需要考虑销项增值税的会计处理，如果企业是一般纳税人，还需要根据销项税额借记“应交税费——应交增值税（销项税额）”科目。如果企业是小规模纳税人，增值税处理会有所不同，不通过“应交税费——应交增值税（销项税额）”科目核算。请根据企业的实际情况和适用的税收政策填写正确的会计分录。