专项应付款的会计处理按照《企业会计准则》进行，主要涉及以下方面：

1. 当企业收到专项应付款，如政府作为企业所有者的资本性投入时，应借记“银行存款”科目，贷记“专项应付款”科目。

2. 使用这些款项进行工程项目等支出时，借记“在建工程”等科目，贷记“银行存款”、“应付职工薪酬”等科目。

3. 如果工程项目完工且形成长期资产，借记“专项应付款”科目，贷记“资本公积——资本溢价”科目。若专项应付款未形成长期资产需核销的部分，借记“专项应付款”科目，贷记“在建工程”等科目。

4. 若专项应付款有结余需要返还，借记“专项应付款”科目，贷记“银行存款”科目。

5. 若资本溢价转增实收资本或股本，借记“资本公积——资本溢价或股本溢价”科目，贷记“实收资本”或“股本”科目。

这些会计处理体现了企业财务状况的变化，并遵循了会计的权责发生制原则。