B、C。以下处理方法中，正确的有：

B) 在粘封询证函时对其统一编号，并将发出询证函的情况记录于审计工作底稿 - 这是确保审计程序的完整性和可追踪性的标准做法。

C) 询证函经会计师事务所盖章后，由注册会计师直接发出 - 这有助于保证询证函的独立性和防止被审计单位干扰。

A) 对以电子邮件方式回收的询证函，要求被询证单位将原件盖章后寄至会计师事务所 - 虽然电子回函的可靠性存在风险，但要求原件盖章寄送可能不切实际，因为许多机构现在接受电子确认。通常，注册会计师会通过电话或其他方式验证电子回函的来源和内容。

D) 收回询证函后，将重要的回函复制给被审计公司以帮助催收货款 - 这是不恰当的，因为询证函的回函不应被用作催收工具，这可能损害其作为独立审计证据的地位。

因此，正确的处理方法是B和C。