在EPC项目中，质保金通常在工程完工验收后支付，以确保工程质量。根据提供的信息，质保金1000万将在完工验收后满1年时支付。在合同按投入法确认收入的情况下，以下是可能的账务处理：

1. 当工程完工并验收合格时：
2. 收到除质保金外的剩余款项时，确认收入： 借：银行存款 9000万 贷：主营业务收入 9000万

3. 同时结转成本： 借：主营业务成本 9000万 贷：工程施工（或合同履约成本） 9000万

4. 质保期开始，即完工验收后1年：

5. 质保期开始时，不需要立即入账，因为质保金是未来可能收到的款项，且与当前的收入确认无关。

6. 质保期满，质保金支付时：

7. 如果质保期满，没有质量问题，质保金将被支付：
   • 借：应付账款/其他应付款 1000万
   • 贷：银行存款 1000万

请注意，具体的会计处理可能会根据企业的会计政策和实际情况有所不同，例如，有些企业可能会在满足收入确认条件时就确认质保金相关的收入，但这通常不是主流做法，因为质保金通常被视为对过去服务的一种保证，而非新的收入来源。在实际操作中，应遵循企业会计准则和公司的具体会计政策。