当客户的开票通知内的物料清单与实际发货清单不一致时，企业需要进行以下会计处理：

1. 识别差异：确定哪些物料的数量或类型存在差异，并分析原因。

2. 调整账目：根据差异调整库存记录，可能需要借记或贷记“在途物资”、“原材料”、“库存商品”等科目，同时调整“应交税费——应交增值税（进项税额）”或“应交税费——待认证进项税额”科目，以反映实际的交易情况。

3. 开具或冲销发票：如果已开具增值税专用发票，但需要更改，可能需要根据税务机关的规定开具红字发票（负数发票）进行冲销，或者开具新的发票。

4. 沟通与协调：与客户沟通解决差异，可能涉及退款、重新发货或其他补偿措施。

5. 记录会计分录：根据差异调整相应的会计分录，确保账实相符。

6. 内部审查：评估内部流程，找出问题所在，防止类似情况再次发生。

请注意，具体操作应遵循企业会计准则和当地税法，可能需要咨询财务顾问以确保合规性。