在先开票后发货的情况下，根据增值税核算制度，企业收到增值税专用发票时，如果货物尚未收到，进项税额不应立即记入“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目。企业应借记相关成本费用或资产科目，例如“在途物资”或“原材料”，借记“应交税费——待认证进项税额”科目，贷记“应付账款”或“银行存款”等科目。待货物实际到达并验收后，再进行认证并转入“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目。

如果货物最终未收到，根据实际情况，可能需要做红字冲销原暂估入账金额，或者根据税务机关开具的红字增值税专用发票进行相应的会计处理。具体操作应根据实际情况和当地税法规定进行。