根据企业会计准则和税法规定，公司应当准确记录和报告其员工的工资薪酬，并依法进行个人所得税的申报和扣缴。如果法人从公司账上拿钱用于发放工资，但未进行工资申报，这可能导致费用记录不准确并且不符合税务规定。正确的处理方式是：

1. 补做工资发放记录：公司需要补录这些工资发放的会计凭证，将费用从法人账上调整到相应的员工工资账户，确保财务记录的准确性。

2. 补办工资申报：公司需要按照实际发放的工资金额，向税务机关补报个人所得税，为员工办理个税申报，并缴纳相应的个人所得税。

3. 调整财务报表：根据调整后的工资记录，相应调整财务报表，包括利润表和资产负债表，以反映真实的费用和负债情况。

4. 合规操作：为了避免类似问题的再次发生，公司应建立完善的薪酬管理和税务合规流程，确保按时进行工资发放和个税申报。

请注意，长期不申报工资可能会引起税务机关的关注，并可能面临罚款或其他税务处罚。因此，及时纠正这种情况至关重要。