在审计破产重整计划、破产重整投资合同等重大协议履行情况时，审计师应执行以下程序：

1. 了解协议内容：审计师需要详细阅读和理解协议条款，特别是与债务重组、资产处置、偿债安排等相关的关键条款。

2. 检查协议有效性：确认协议是否已经正式签署，相关签字人是否有合法授权，并且协议内容是否符合相关法律法规。

3. 追踪履行进度：审计师应审查协议的执行情况，包括但不限于债务偿还记录、资产转移文件、财务报告等，以评估协议是否按计划进行。

4. 评估合规性：审计师需确保协议的履行符合破产法和其他相关法规，例如，债务豁免是否满足条件，是否经过必要的审批程序。

5. 沟通与管理层：审计师应与管理层讨论协议执行中的问题和异常情况，了解管理层采取的解决措施。

6. 外部证据收集：通过向债权人、法院、法律顾问等第三方获取信息，验证协议的执行情况和结果。

7. 分析性程序：运用分析性程序，比如比较协议预期与实际结果的差异，评估协议履行的合理性。

8. 评估风险：识别潜在的法律风险、财务风险，如担保事项可能发生的损失，并进行适当估计。

9. 质量控制复核：审计项目组内部的复核和独立的质量控制复核是必要的，以确保审计质量。

10. 记录审计证据：审计师应记录所有的审计程序、发现和结论，以便支持审计报告的编制。

这些程序旨在确保破产重整过程的透明度和合规性，保护债权人和所有利益相关者的权益。