现行个人所得税法下，工资和奖金的个税申报遵循综合所得计税原则，两者在申报时通常合并计算。具体区别体现在以下几个方面：

1. 税率档次：工资和奖金合并后，适用的税率档次可能会发生变化。工资通常按月发放，而奖金可能一次性发放，合并计算可能使应纳税所得额进入更高税率区间。

2. 预扣预缴：企业通常每月预扣预缴员工的个人所得税，对于工资部分，企业会根据当月收入计算预扣税款。奖金部分，如果是年终奖，可以选择单独计税，即除以12个月找到适用税率，也可以选择合并计税。

3. 年度汇算清缴：在年度结束时，纳税人需要进行年度汇算清缴，对全年的工资、奖金等综合所得进行清算。如果之前预扣的税款多于实际应缴税款，纳税人可以申请退税；反之，如果少缴，则需要补缴。

4. 税收优惠：某些情况下，如年终奖，选择单独计税可能更有利于享受税收优惠政策，但具体是否有利需根据个人的全年收入情况计算。

因此，虽然工资和奖金在申报时通常合并计算，但具体的税负会因个人的收入分布和选择的计税方式而有所不同。企业需要按照税法规定，正确计算和代扣代缴员工的个人所得税。