根据企业会计准则第33号——合并财务报表（2014）的规定，A公司支付了B公司50%的股权对价，若A公司能够证明其基于这部分股权和其他相关协议，有权力主导B公司的相关活动，即使工商执照变更尚未完成，A公司可能拥有对B公司的控制权。控制权的判断不仅考虑表决权，还包括任命关键管理人员、决定重大交易、控制董事会成员任命等多方面因素。

如果A公司能够单方面主导B公司的经营决策，即使在法律意义上还未完成工商变更，从会计角度，A公司可能有权将B公司纳入合并财务报表的合并范围。然而，实际操作中，A公司需要考虑所有相关事实和情况，包括其他股东的持股情况、股东协议、是否有集体决策协议等因素，以确定是否满足控制权的定义。

因此，A公司在支付对价并能够实际行使控制权后，即使工商变更手续未完成，理论上可以将B公司合并。但最终是否可以并表，需要A公司管理层根据所有相关事实和情况进行判断。