在审计中，企业往来询证函的操作主要包括以下几个步骤：

1. 确认函证对象：确定需要询证的关联企业，包括供应商、客户和其他重要交易方。

2. 设计询证函：使用标准格式或根据审计准则定制询证函，包含需要确认的交易细节，如余额、交易日期、金额等。

3. 获取信息：从被审计单位获取完整的对方联系信息，包括名称、地址、联系方式等。

4. 发出询证函：直接邮寄询证函至对方，确保函证过程独立于被审计单位，以保证函证的公正性。也可以选择电子方式发送，但需确保安全性和对方身份的真实性。

5. 跟踪回函：监控回函进度，确保在合理时间内收到回复。对于未回函的情况，可能需要采取电话跟进或替代审计程序。

6. 验证回函：收到回函后，核对回函信息与被审计单位记录的一致性。如果存在差异，需要进一步调查。

7. 处理不符事项：对于不符事项，审计师应调查原因，评估潜在的错报风险，并可能要求被审计单位进行调整。

8. 记录审计底稿：将询证过程和结果详细记录在审计工作底稿中，作为审计证据。

9. 处理异常情况：如果发现异常情况，如被审计单位阻止函证、回函信息不完整或可疑，审计师应采取适当的应对措施，如增加审计程序或与管理层讨论。

10. 总结审计结论：基于询证函的结果，形成对被审计单位相关账户余额和交易的审计结论。

在整个过程中，审计师应保持职业怀疑态度，确保审计程序的有效性和可靠性。