根据《企业会计准则第9号-职工薪酬》的相关规定，公司支付给独立董事的费用，在企业所得税汇算清缴时是否需要发票来作为扣除凭证，需要根据国家税务总局的相关规定执行。

针对用户问题，根据国家税务总局的相关公告，如国家税务总局公告2012年第15号规定，企业支付给非全日制从业（雇佣）人员的报酬，可以根据工资表或者其他有效的支付凭证，在企业所得税前扣除。因此，对于独立董事是否需要单独开具发票的问题，一般情况下，如果独立董事为非全日制从业人员，企业所得税扣除时可以依工资表或其他有效凭证作为税前扣除凭证，不强制要求独立董事提供发票。但不同地区的税务机关可能会有差异化的要求，建议咨询所在地税务机关以获得确切的指引。