根据企业会计准则第16号-第五条，企业从政府取得的经济资源，如果与企业销售商品或提供服务等活动密切相关，且是企业商品或服务的对价或者是对价的组成部分，适用其他相关会计准则。在本例中，甲公司的增值税即征即退政策与企业的日常销售活动密切相关，因此，该增值税款返还不属于政府补助，而是与销售活动相关的税收返还。

根据企业会计准则第16号-第四条，政府补助分为与资产相关的政府补助和与收益相关的政府补助。但在本例中，增值税即征即退政策下的增值税款返还不属于政府补助，而是税收返还。

因此，甲公司在实际收到返还的增值税款时，应当按照税收返还的会计处理规定进行处理。具体会计分录为：借记“银行存款”科目40万元，贷记“应交税费——应交增值税（出口退税）”科目40万元。这样的处理反映了甲公司收到了税务部门返还的增值税款项。