证券公司的手续费收入应当按照《企业会计准则》的规定进行会计处理。具体来说：

1. 当证券公司收到客户支付的手续费时，应确认为手续费及佣金收入。会计分录如下： 借：银行存款/存放中央银行款项/结算备付金（实际收到的金额） 贷：手续费及佣金收入（应收的手续费金额）

2. 如果手续费是在交易完成后才收取，可能会先预收，此时会计处理如下： 借：银行存款/其他应付款——预收代理兑付证券手续费（预收的手续费金额） 贷：其他应付款——预收手续费

3. 当手续费收入对应的业务完成，满足收入确认条件时，再从预收项目转为收入： 借：其他应付款——预收代理兑付证券手续费 贷：手续费及佣金收入

4. 对于手续费收入，企业应在满足收入确认五步法条件时，即在提供服务完成、风险和报酬转移时确认收入。

这些处理体现了《企业会计准则》中关于收入确认的原则，确保了手续费收入的准确记录和及时反映。