根据企业会计准则第33号——合并财务报表（2014）-第三章 合并程序-第三十六条，母公司向子公司出售资产所发生的未实现内部交易损益，应当全额抵销“归属于母公司所有者的净利润”。在本案例中，甲公司向A公司销售产品，销售收入为5000万元，销售成本为3500万元，销售毛利率为30%。A公司本期将该批内部购入商品的60%实现销售，销售收入为3750万元，销售成本为3000万元，销售毛利率为20%。该批商品的另外40%形成A公司期末存货，即期末存货为2000万元。

首先，我们需要计算甲公司销售给A公司的未实现内部销售损益。这部分损益为销售收入减去销售成本，即5000万元 - 3500万元 = 1500万元。

然后，我们需要计算A公司已经实现销售的商品中包含的未实现内部销售损益。这部分损益为已实现销售成本与甲公司销售成本之间的差额，即3000万元 - (3500万元 * 60%) = 3000万元 - 2100万元 = 900万元。

接下来，我们需要计算期末存货中包含的未实现内部销售损益。这部分损益为甲公司销售成本与A公司存货成本之间的差额，即3500万元 * 40% - 2000万元 = 1400万元 - 2000万元 = -600万元。

因此，该存货中包含的未实现内部销售损益为-600万元。

答案：D 600