根据企业会计准则第33号——合并财务报表（2014）-第三章 合并程序-第三十六条，母公司向子公司出售资产所发生的未实现内部交易损益，应当全额抵销“归属于母公司所有者的净利润”。在本案例中，甲企业将一批账面价值为80000元，计税价格为100000元的库存商品以100000元的价格出售给乙企业，后者将其作为库存材料核算。年末，该批存货尚有40%在库，另60%已经计入乙企业当年的销售成本。

首先，计算甲企业销售给乙企业的未实现内部销售损益： 销售收入 = 100000元 账面价值 = 80000元 未实现内部销售损益 = 销售收入 - 账面价值 = 100000 - 80000 = 20000元

其次，计算乙企业年末存货中包含的未实现内部销售损益： 乙企业年末存货 = 500000元 乙企业年末存货中包含的未实现内部销售损益 = 甲企业的未实现内部销售损益 × 未销售比例 = 20000元 × 40% = 8000元

乙企业因此计提存货跌价准备9000元，这部分跌价准备是由于存货的可变现净值低于其账面价值所导致。在合并财务报表中，这部分跌价准备应当予以确认，因为它反映了存货的真实价值。

因此，甲企业编制的合并资产负债表中“存货”项目的报告价值应为： 甲企业个别资产负债表中“存货”项目的年末数 = 900000元 乙企业个别资产负债表中“存货”项目的年末数 = 500000元 乙企业年末存货中包含的未实现内部销售损益 = 8000元 乙企业计提的存货跌价准备 = 9000元 合并资产负债表中“存货”项目的报告价值 = 甲企业“存货”项目的年末数 + 乙企业“存货”项目的年末数 - 乙企业年末存货中包含的未实现内部销售损益 - 乙企业计提的存货跌价准备 = 900000 + 500000 - 8000 - 9000 = 1391000元

因此，甲企业编制的合并资产负债表中“存货”项目的报告价值应为1391000元，选项C正确。