根据企业会计准则第6号——无形资产（2006）-第三章 初始计量-第十三条，自行开发的无形资产，其成本包括自满足本准则第四条和第九条规定后至达到预定用途前所发生的支出总额，但是对于以前期间已经费用化的支出不再调整。

在您提到的情况中，2022年的200万支出已经计入研发费用，并进行了加计扣除，这意味着这部分支出在会计上已经被费用化，并按照税法规定享受了税收优惠。因此，这部分支出不应再转入成本科目，因为已经费用化的支出不再调整。

如果2022年的200万支出与项目直接相关，但由于已经费用化，这部分支出不会计入项目成本，这可能会导致项目毛利看起来较高。然而，这是符合会计准则的处理方式，因为会计处理需要遵循历史成本原则和实际发生的原则。

为了更准确地反映项目的经济实质，企业可以在财务报告中提供额外的披露，说明项目成本的构成以及已费用化的研发支出的影响，以便用户更好地理解项目的财务状况和经营成果。