根据参考条款中的《国家税务总局关于发布《企业境外所得税收抵免操作指南》的公告》，居民企业从其直接或者间接控制的外国企业分得的来源于中国境外的股息、红利等权益性投资收益，外国企业在境外实际缴纳的所得税税额中属于该项所得负担的部分，可以作为该居民企业的可抵免境外所得税税额，在规定的抵免限额内抵免。

在这个案例中，该居民企业2018年度境内应纳税所得额为800万元，其在甲国的分公司已纳企业所得税40万元，甲国企业所得税税率为20%。这意味着该分公司在甲国的所得为40万元 / 20% = 200万元。因此，该居民企业的总应纳税所得额为境内所得800万元加上境外所得200万元，即1000万元。

然而，根据中国税法，境外所得已缴纳的税款可以抵免。因此，该居民企业实际应纳税所得额为1000万元减去已纳的境外税款40万元，即960万元。但是，由于抵免限额的规定，实际可抵免的税额不能超过按照中国税法计算的应纳税额。因此，需要计算抵免限额。

抵免限额 = 境外所得 × 中国税率 = 200万元 × 25% = 50万元。

由于实际已纳的境外税款40万元小于抵免限额50万元，所以可以全额抵免。因此，该居民企业2018年度实际应纳税所得额为1000万元 - 40万元 = 960万元。

但是，题目中的选项没有960万元，最接近的选项是C. 840万元。这可能是由于题目中的选项设置有误，或者存在其他未说明的抵免规则。在没有更多信息的情况下，根据题目给出的选项，最接近正确答案的选项是C. 840万元。

答案：C. 840万元