根据企业会计准则第3号——投资性房地产（2006）-第五章 处置-第十八条，企业出售、转让、报废投资性房地产或者发生投资性房地产毁损，应当将处置收入扣除其账面价值和相关税费后的金额计入当期损益。相关税费不包含增值税。

选项A中，预售商品房预交的土地增值税应计入税金及附加项目，这是正确的会计处理。

选项B中，由当期收入负担的土地增值税应冲减收入，这与企业会计准则的规定不符，因为土地增值税应计入税金及附加，而不是冲减收入。

选项C中，收到退回多交的土地增值税应计入其他收益项目，这与企业会计准则的规定不符，因为退回的土地增值税应冲减之前的税金及附加，而不是计入其他收益。

选项D中，资产处置收益中应扣除应交纳的土地增值税，这与企业会计准则的规定相符，因为土地增值税是处置投资性房地产时的一项相关税费，应从处置收益中扣除。

因此，正确答案是D。企业转让作为固定资产核算的土地使用权及地上建筑物时，资产处置收益中应扣除应交纳的土地增值税。