根据企业会计准则第39号——公允价值计量(2014)-第八章 非金融资产的公允价值计量-第三十一条，企业应当从市场参与者的角度确定非金融资产的最佳用途。通常情况下，企业对非金融资产的现行用途可以视为最佳用途，除非市场因素或者其他因素表明市场参与者按照其他用途使用该资产可以实现价值最大化。

选项分析： A. 企业拥有的用于出租的写字楼出现大量楼层闲置，而该写字楼旁边的同品牌公寓出租情况良好，企业应以用于公寓出租作为写字楼的最佳用途，并据此估计公允价值。这个选项没有考虑到转换用途的成本和可行性，因此不是最佳用途。 B. 某软件资产必须配合其他技术才能达到最佳用途，但企业并不具备这些必要的技术，因此不能基于该最佳用途估计公允价值。这个选项正确地考虑了企业实际的技术能力，因此是正确的。 C. 政府为保护生态环境禁止在保护区内进行房地产开发，则保护区内土地不能以房地产开发作为最佳用途估计公允价值。这个选项正确地考虑了法律限制，因此是正确的。 D. 企业的土地目前用于工业用途的价值为 600 万元，假设用于建造住宅的价值为 800 万元，但需发生拆除改造及变更用途的成本约 300 万元，企业应以建造住宅为最佳用途，并据此估计公允价值。这个选项没有考虑到转换用途的成本，因此不是最佳用途。

正确答案是 B. 某软件资产必须配合其他技术才能达到最佳用途，但企业并不具备这些必要的技术，因此不能基于该最佳用途估计公允价值。