根据企业会计准则第7号——非货币性资产交换（2019）-第三章 以公允价值为基础计量-第七条，非货币性资产交换具有商业实质的条件包括：

（一）换入资产的未来现金流量在风险、时间分布或金额方面与换出资产显著不同。 （二）使用换入资产所产生的预计未来现金流量现值与继续使用换出资产不同，且其差额与换入资产和换出资产的公允价值相比是重大的。

选项A中，甲公司将其用于出租的公寓楼与乙公司的一栋办公楼进行交换。公寓楼和办公楼的使用目的和产生的现金流量显著不同，因此具有商业实质。

选项B中，甲公司将其拥有的专利权作价投入丙公司，取得丙公司 25%的股权。这种情况下，专利权和股权属于不同类别的资产，其未来现金流量的风险、时间和金额显著不同，因此具有商业实质。

选项C中，甲公司将其拥有的一辆运输货物的卡车与丁公司的两辆小轿车进行交换。卡车和小轿车的使用目的和产生的现金流量显著不同，因此具有商业实质。

选项D中，甲公司将其用于出租的公寓楼与戊公司用于出租的公寓楼进行交换，两栋楼的租金总额相同，但租户的财务及信用状况存在明显差异。这种情况下，虽然两栋楼都是用于出租，但由于租户的财务及信用状况存在明显差异，导致未来现金流量的风险或不确定性程度存在明显差异，因此具有商业实质。

综上所述，具有商业实质的选项有A、B、C和D。