根据企业会计准则，私募股权基金中有限合伙人（LP）转让份额时，交易对价的确认应当基于公允价值。这意味着转让价格应当反映该份额在当前市场条件下的价值。如果份额转让给关联方，如案例中提到的A公司的全资子公司C公司，尽管不存在国有资产流失风险，但仍需确保交易价格的合理性，以防止潜在的利益输送。

在实践中，为了确保交易对价的公允性，可能会参照《企业国有资产交易监督管理办法》中非公开协议转让的相关规定，或者通过独立第三方评估来确定份额的价值。交易双方应当根据公平交易原则协商确定转让价格，并确保所有相关交易细节和定价依据记录完整，以便于审计和监管审查。

因此，确认交易对价的关键在于公允价值的评估，这可能涉及对基金资产净值、基金业绩、市场条件等多种因素的考虑。如果份额转让涉及的金额重大，可能还需要专业的估值报告来支持交易价格的合理性。