根据提供的参考条款，自然人代开商业用房（非住房）房租发票的税率和需要缴纳的税款如下：

1. 增值税：根据《国家税务总局关于发布〈纳税人提供不动产经营租赁服务增值税征收管理暂行办法〉的公告》（国家税务总局公告2016年第16号），其他个人出租不动产（不含住房），按照5%的征收率计算应纳税额。

2. 房产税：房产税的计算依据和税率根据当地税务机关的规定执行。

3. 个人所得税：个人所得税的计算方法和税率根据当地税务机关的规定执行。

4. 土地使用税：非住房类按实征收土地使用税，具体税率和计算方法根据当地税务机关的规定执行。

5. 印花税：税率为0.1%，享受减半，应缴印花税为租金金额的0.1%的一半。

6. 城市维护建设税和教育费附加：这些税费的计算通常与增值税挂钩，具体税率和计算方法根据当地税务机关的规定执行。

以上信息是根据提供的参考条款整理的，具体的税率和计算方法可能需要根据当地税务机关的具体规定进行调整。