根据企业会计准则第22号——金融工具确认和计量（2017）-第九章 利得和损失-第六十七条，属于套期关系中被套期项目的金融资产或金融负债所产生的利得或损失，应当按照《企业会计准则第24号——套期会计》相关规定进行处理。在本案中，甲公司管理层要求不对应付账款实施函证，A注册会计师拟直接实施替代审计程序，以获取与应付账款余额相关的审计证据。

在这种情况下，A注册会计师的做法是恰当的，因为通过实施替代审计程序，注册会计师能够获取关于应付账款余额的直接证据，这有助于确保审计证据的充分性和适当性。同时，注册会计师应记录审计过程和结果，并在审计报告中披露相关信息，以反映审计过程中的实际情况。