根据中国注册会计师审计准则，注册会计师在审计过程中应保持审计工作底稿的完整性和准确性。审计工作底稿是记录审计过程和结果的重要文件，包括实施的审计程序、获取的审计证据以及形成的审计结论。

在本案中，A注册会计师在审计工作底稿归档期间收到应付账款询证函回函，且回函结果与之前实施的替代程序得出的审计结论一致。虽然回函结果与替代程序结论一致，但删除记录替代程序的审计工作底稿并不恰当。审计工作底稿应完整记录审计过程中实施的所有程序和获取的所有证据，以便于复核和审计质量控制。

因此，A注册会计师应将收到的回函归入审计工作底稿，并保留记录替代程序的审计工作底稿，以确保审计工作底稿的完整性和审计过程的可追溯性。