根据企业会计准则第1号—存货（2006）-第二章 确认-第四条，存货同时满足下列条件的，才能予以确认：（一）与该存货有关的经济利益很可能流入企业；（二）该存货的成本能够可靠地计量。

在本案中，审计项目组因甲公司存货品种和数量均较少，仅将监盘程序用作实质性程序。虽然存货数量较少可能简化审计程序，但监盘程序本身主要是为了验证存货的存在性和状况，并不直接涉及存货的确认和计量。因此，仅依赖监盘程序可能不足以全面评估存货的确认和计量是否符合会计准则的要求。

注册会计师应当考虑实施其他审计程序，如检查存货的采购和销售记录、评估存货的估值和可变现净值等，以确保存货的确认和计量是充分和适当的。因此，仅将监盘程序用作实质性程序可能不恰当。