根据企业会计准则第1号—存货（2006）-第二章 确认-第三条，存货是指企业在日常活动中持有以备出售的产成品或商品、处在生产过程中的在产品、在生产过程或提供劳务过程中耗用的材料和物料等。第四条规定，存货同时满足下列条件的，才能予以确认：（一）与该存货有关的经济利益很可能流入企业；（二）该存货的成本能够可靠地计量。

在本案中，甲公司管理层的盘点指令要求将盘点日前已验收但尚未办理入库手续的若干原材料单独摆放，不纳入盘点范围。审计项目组认可管理层的做法。这一做法可能不恰当，因为根据存货的定义和确认条件，已验收的原材料属于企业的存货，应当纳入盘点范围。即使这些原材料尚未办理入库手续，它们仍然是企业持有以备使用的材料，与企业的经济利益相关，并且其成本能够可靠地计量。

因此，审计项目组应当对这些已验收但未入库的原材料进行盘点，以确保存货的完整性和准确性。如果审计项目组不进行盘点，可能会导致存货的低估，影响财务报表的真实性和公允性。审计项目组应当重新评估盘点计划，确保所有存货都被纳入盘点范围。