根据企业会计准则第1号—存货（2006）-第三章 计量-第五条，存货应当按照成本进行初始计量。存货成本包括采购成本、加工成本和其他成本。

在本案中，甲公司于2023年中将此前人工核算的功能升级至存货管理系统之中，实现了存货的全面自动化核算。A注册会计师测试了信息技术一般控制和信息处理控制的运行有效性，结果满意，据此认为与存货核算相关的内部控制运行有效，减少了实质性程序的样本量。这一做法可能不恰当，因为即使信息技术控制运行有效，注册会计师仍需评估其他可能影响存货准确性的因素，如存货的实物控制、存货的估值方法、存货的盘点程序等。

因此，注册会计师应当重新评估审计程序，确保对存货的审计程序充分、适当，并能够获取充分、适当的审计证据。注册会计师应当考虑实施其他审计程序，如存货的实物检查、存货的估值测试、存货的盘点程序等，以确保存货的准确性。如果注册会计师无法获取充分、适当的审计证据，应当考虑这一情况对审计意见的影响。