根据企业会计准则第1号—存货（2006）-第二章 确认-第四条，存货同时满足下列条件的，才能予以确认：（一）与该存货有关的经济利益很可能流入企业；（二）该存货的成本能够可靠地计量。

在本案中，审计项目组在实施抽盘时，发现三个样本存在差异，系甲公司盘点人员疏忽所致，审计项目组提请甲公司盘点人员重新盘点这些项目并更正了抽盘差异，认为抽盘结果满意。这一做法可能不恰当，因为仅通过重新盘点并更正抽盘差异可能无法全面评估存货的实际状况，特别是对于存货的质量状况、保质期、存货的估值等。

因此，注册会计师应当重新评估审计程序，确保对存货的审计程序充分、适当，并能够获取充分、适当的审计证据。注册会计师应当考虑实施其他审计程序，如存货的实物检查、存货的估值测试、存货的盘点程序等，以确保存货的准确性。如果注册会计师无法获取充分、适当的审计证据，应当考虑这一情况对审计意见的影响。