根据企业会计准则解释第15号，对于成员单位未归集至集团母公司账户而直接存入财务公司的资金，成员单位应当在资产负债表“货币资金”项目中列示，根据重要性原则并结合本企业的实际情况，成员单位还可以在“货币资金”项目之下增设“其中：存放财务公司款项”项目单独列示；财务公司应当在资产负债表“吸收存款”项目中列示。

在本案中，甲公司与其子公司、乙银行签订的集团现金管理账户协议约定，子公司银行账户余额超过500万元的部分自动拨入甲公司银行账户。A注册会计师检查了相关协议，并通过函证向乙银行确认了资金归集账户的具体信息，结果满意。这一做法是恰当的，因为注册会计师需要确保资金归集的安排得到适当的会计处理和披露。

因此，A注册会计师的判断是恰当的，他通过检查协议和函证确认了资金归集账户的具体信息，确保了资金归集的会计处理符合企业会计准则的要求。