根据企业会计准则第13号——或有事项（2006）-第二章 确认和计量-第五条，预计负债应当按照履行相关现时义务所需支出的最佳估计数进行初始计量。所需支出存在一个连续范围，且该范围内各种结果发生的可能性相同的，最佳估计数应当按照该范围内的中间值确定。在其他情况下，最佳估计数应当分别下列情况处理：（一）或有事项涉及单个项目的，按照最可能发生金额确定。（二）或有事项涉及多个项目的，按照各种可能结果及相关概率计算确定。

在本案中，A注册会计师在审计甲公司2021年末的财务报表时，针对甲公司向新增供应商预付的大额原材料采购款，检查了采购合同、付款申请单、付款凭证等支持性文件，并向该供应商函证，结果满意。这一做法是恰当的，因为注册会计师通过检查相关文件和函证，可以验证预付款项的真实性和准确性，确保财务报告中的信息准确无误。同时，这种做法也符合审计准则中关于获取相关、可靠审计证据的要求。

因此，A注册会计师的判断是恰当的，他通过检查相关文件和函证，确认了预付款项的年末余额，从而保证了财务报告的准确性。