根据企业会计准则第30号——财务报表列报（2014）-第二章 基本要求-第五条，企业管理层在编制财务报表的过程中，应当利用所有可获得信息来评价企业自报告期末起至少12个月的持续经营能力。评价时需要考虑宏观政策风险、市场经营风险、企业目前或长期的盈利能力、偿债能力、财务弹性以及企业管理层改变经营政策的意向等因素。评价结果表明对持续经营能力产生重大怀疑的，企业应当在附注中披露导致对持续经营能力产生重大怀疑的因素以及企业拟采取的改善措施。

在本案中，甲公司大量债务出现逾期，存在偿债压力。管理层在财务报表附注中披露了关联方提供补充资金支持的应对措施。A注册会计师认为甲公司运用持续经营假设适当，拟发表无保留意见，并增加“与持续经营相关的重大不确定性”的单独部分，对甲公司尚未与主要债权人就偿还方案达成和解而导致的重大不确定性作出披露。

这种做法是恰当的，因为根据《中国注册会计师审计准则第1502 号——非标准审计报告》指南，如果财务报表已作出充分披露，注册会计师应当出具无保留意见的审计报告，并在审计意见段之后增加强调事项段，强调可能导致对持续经营能力产生重大疑虑的事项或情况存在。在本案中，A注册会计师通过增加“与持续经营相关的重大不确定性”的单独部分，有效地提醒了财务报表使用者关注可能对公司财务状况产生重大影响的未决诉讼事项，符合相关审计准则和规定。