根据企业会计准则第1号—存货（2006）-第二章 确认-第四条，存货同时满足下列条件的，才能予以确认：（一）与该存货有关的经济利益很可能流入企业；（二）该存货的成本能够可靠地计量。此外，根据中国注册会计师审计准则问题解答第6号——存货监盘，注册会计师应当在存货盘点现场实施监盘（除非不可行），并对期末存货记录实施审计程序，以确定其是否准确反映实际的存货盘点结果。

在本案中，甲公司的新仓库位于西部城市，库存量占集团整体库存量的20%，由于地理位置偏远，交通成本高，审计项目组认为对该仓库年末存货实施存货监盘不可行，计划直接实施替代审计程序。这一决策需要根据具体情况来评估。如果替代审计程序能够提供与存货监盘相当的保证水平，确保存货的计量是可靠的，那么这一决策可能是恰当的。然而，如果替代审计程序无法提供足够的保证，或者存在其他风险因素，那么审计项目组应当考虑采取其他措施，如委托当地第三方机构进行监盘，或者调整审计计划以确保审计的充分性和适当性。

因此，审计项目组的决策是否恰当取决于替代审计程序的具体内容和效果，以及是否能够满足审计准则的要求。审计项目组应当详细记录替代审计程序的选择理由、执行过程和结果，并确保这些程序能够提供足够的审计证据，以支持对存货的确认和计量。