根据中国注册会计师审计准则，注册会计师在执行审计工作时应保持独立性和职业怀疑，确保审计程序的执行不受被审计单位的影响。在本案中，注册会计师首次函证应收账款50万元，回函结果显示相符，但后期发现该笔应收款项应为48万元，并再次向对方单位寄发函证，对方再次回复相符。注册会计师与被询证者取得联系，被询证者告知以第二次回函信息为准，注册会计师认为结果满意。

然而，注册会计师在发现应收款项金额与首次函证结果不符时，应进一步调查原因，并评估两次函证结果的可靠性。仅凭被询证者的口头确认而未采取进一步措施来验证回函的真实性，注册会计师的做法并不完全恰当。注册会计师应继续保持职业怀疑，并采取适当的审计程序以确保审计证据的充分性和适当性。例如，注册会计师可以要求被询证者提供支持第二次回函金额的证据，或者采取其他替代程序来获取审计证据。

因此，注册会计师仅凭被询证者的口头确认而未采取进一步措施来验证回函的真实性，其做法并不完全恰当。注册会计师应继续保持职业怀疑，并采取适当的审计程序以确保审计证据的充分性和适当性。