如果企业取得的发票税率低于实际应适用的税率，可能会导致以下几种损失：

1. 税务罚款和滞纳金：企业可能会因为少缴税款而面临税务机关的罚款和滞纳金，这些额外的费用会增加企业的成本。

2. 信誉损失：税务违规行为可能损害企业的声誉，影响其与供应商、客户和金融机构的关系，甚至可能导致法律诉讼。

3. 审计风险增加：低税率发票可能会引起税务机关的关注，增加企业被审计的概率，审计过程中可能发现其他潜在的税务问题。

4. 未来税务优惠受影响：如果企业因低税率发票被认定为逃税或违规，可能会影响其未来申请税收优惠或减免的权利。

5. 财务报表调整：根据企业会计准则，如果发现前期的税务处理有误，可能需要追溯调整财务报表，影响利润表和资产负债表的准确性。

6. 法律纠纷：如果涉及第三方，如供应商或客户，可能会引发合同纠纷，因为低税率可能违反了合同中的税务条款。

因此，企业应确保遵守税法规定，正确计算和缴纳相应税率的税款，以避免上述潜在损失。