根据企业会计准则，同一控制下的企业合并，合并方在合并中取得的资产和负债，应当按照被合并方在最终控制方合并财务报表中的账面价值计量。在案例中，甲公司的子公司A公司已经持有C公司62%的股权，现在甲公司的另一个子公司B公司将持有的38%的C公司股权转移给A公司，这属于同一控制下的合并交易。

首先，A公司对C公司的合并会计分录如下： 借：长期股权投资（C公司净资产账面价值的38%） 贷：银行存款/其他支付对价（实际支付的金额） 资本公积——资本溢价或股本溢价（差额，如果支付的对价超过C公司净资产账面价值的38%）

然后，甲公司作为合并报表合并单位，需要编制抵消分录，消除内部交易的影响： 借：长期股权投资（A公司原持有C公司股权对应的账面价值加上新增38%股权对应的账面价值） 贷：子公司所有者权益（C公司按最终控制方合并财务报表的账面价值） 资本公积——资本溢价或股本溢价（如有差额）

如果在合并过程中涉及的长期股权投资的账面价值与子公司所有者权益的差额调整了资本公积，那么在合并报表中还需要考虑这一调整。同时，需要抵销内部交易产生的未实现损益，确保合并报表的准确性。