根据企业会计准则，当公司进行破产重组时，如果法院裁定公司需偿还的实际债务金额（6000万元）与账面记录的债务金额（1000万元）不一致，公司应当按照实际需偿还的金额进行会计处理。在这种情况下：

1. 对于公司而言，当新投资人偿还6000万元债务时，公司应当终止确认原有的1000万元账面债务，并确认5000万元的额外债务。这5000万元的新增债务应根据《企业会计准则第12号——债务重组》的规定，作为债务重组的一部分进行会计处理。公司应当将这5000万元的差额确认为债务重组收益，计入营业外收入。

2. 新投资人偿还6000万元债权款时，这部分金额应作为投资进入公司，具体会计处理取决于投资的形式和条件，可能涉及实收资本、资本公积或其他相关科目。

请注意，实际操作中可能还需要考虑税务影响和其他相关法规，以及是否涉及股权转换等复杂因素。具体的会计处理应由专业会计师根据实际情况和相关法律法规进行详细计算和记录。