在固定资产升级改造中，如果被替换部分的价值无法直接取得，企业可以采取以下几种方法来合理估计其价值：

1. 账面价值法：根据企业会计准则，可以按照被替换部分的账面价值来估算。账面价值是固定资产原价减去累计折旧和可能存在的减值准备后的余额。

2. 历史成本法：如果原始购置记录还在，可以尝试根据被替换部分的历史成本并考虑通货膨胀等因素进行调整。

3. 市场比较法：如果市场上有类似替换部件的交易数据，可以通过比较市场价格来估算。

4. 专家评估法：聘请专业评估师进行评估，基于专业知识和经验给出被替换部分的价值。

5. 重置成本法：估算当前条件下重新购置相同或相似部件所需的成本，减去合理的折旧或损耗。

6. 残值法：如果被替换部分有残值，可以根据残值估算其价值。

在进行估计时，企业需要确保所采用的方法合理且能反映被替换部分的经济实质。同时，会计处理应当遵循谨慎性原则，避免高估或低估资产价值。