甲公司以固定资产换取乙公司股权，这是一项非同一控制下的企业合并。在这种情况下，甲公司应以换出资产的公允价值与取得的股权比例的相对比例，来确定长期股权投资的初始计量金额，并确认资产处置损益。

甲公司换出资产的公允价值为800万元，乙公司85%股权对应的可辨认净资产公允价值为900万元的85%，即765万元（900万元 × 85%）。

甲公司因该项投资产生的长期股权投资的入账价值 = 换出资产公允价值800万元 - 乙公司可辨认净资产公允价值的85%（765万元），差额35万元（800万元 - 765万元）确认为合并商誉，因此选项A正确。

甲公司因该项投资产生的资产处置损益为换出固定资产公允价值（800万元）与账面价值（400万元，500万元 - 100万元）的差额，即400万元，因此选项B正确。

甲公司因该项投资对当期损益的影响包括资产处置损益400万元（800万元 - 400万元）和评估费用50万元，合计450万元，因此选项D错误。

甲公司因该项投资应确认长期股权投资的入账价值为765万元，因此选项C不正确。

综上所述，会计处理不正确的选项是C。甲公司因该项投资应确认长期股权投资的入账价值应为765万元，而非765万元。

答案是C. 甲公司因该项投资应确认长期股权投资的入账价值为765万元。