在支付了50%股权对价款但尚未完成工商变更的情况下，A公司是否能将B公司并表，需要评估A公司是否已经实质上控制了B公司的财务和经营政策。支付对价并不自动意味着控制权的转移，还需要考虑其他因素，如A公司是否获得了半数以上的表决权，其他股东的持股情况，股东协议中的特殊条款，以及A公司是否已经开始行使控制权等。如果A公司能够证明其已经控制了B公司，即使工商变更手续正在进行中，理论上可以将B公司纳入合并范围。但如果存在重大不确定性或风险，A公司可能需要等待工商变更完成后再进行并表。因此，A公司需要综合分析所有相关因素来确定是否满足并表条件。